石見銀山領の行政を司った国の史跡にも指定されている代官所跡。門番の詰め所や仮牢などを見ることができるほか、現在資料館となっている建物は、明治35年に建てられた旧邇摩郡役所をそのまま利用しています。絵巻物や古文書、銀鉱石や精錬関係の道具などが展示されており、石見銀山の歴史を追体験できます。また、枯山水の様式で造られた代官所の庭は、春は梅や桜。初夏は藤やツツジ。秋は紅葉と四季折々の表情が観られるだけでなく、当時、百姓一揆などが起こった時の代官の逃げ道に使われたのではと伝えられる「抜け穴」が2つあります。1つは隣の城上神社、もう1つは裏手の勝源寺に通じています。